Момент такой... "резиденция на руках"... Вы имеете в виду регистрацию по месту жительства на территории Украины? Много нюансов при этом. Если человек имеющий шв. и укр. паспорта зарегистрирован в украинском посольстве в Шв., то никаких проблем - ваше место регистрации это Шв. Конф. В Украине не есть обязательной регистрация по месту жительства. Я могу и воздухе висеть. А стремный момент въезда в Украину по Свисс паспорту такой: человек-то выезжал из Украины по укр. паспорту и в базе данных значится этот момент, а тут вдруг въезжает по свисс паспорту - ага, штраф тебе. Но это не проблема, если свисс паспорт на другую фамилию, тогда никто не придерется.
Глобально психологический нюанс такой, если человек не уверен в силе своего спокойствия, волнуется, то есть вариант что погранцы усекут это и начнут "грузить", просто так, на ровном месте. Это неприятно. Вы должны твердо знать, что вы правы и тогда никаких проблем. А если нет, въезжайте и выезжайте по свисс паспорту (если он на др. фамилию). Украинским паспортом в этом случае вообще не пользуйтесь (ну или только для каких-нибудь административных случаев - зарегистрировать что-нибудь например, но не для предоставления в милицию). В случае возникновения проблем в Украине, вы всегда можете обратиться в Шв. консульство и они горой станут (обязаны это сделать) за своего гражданина. Единственное неудобство для гражданина с паспортом др. страны - срок гостевого (нерегистрируемого) пребывания в Украине - 90 дней. Дальше или выехать-въехать надо или регистрироваться в миграц. службе.
Конечно авиаграницу лучше пересекать по шв. паспорту, так-как есть такая практика проверки действующей визы в укр. паспорте на выезде из страны авиатранспортом. Для автомобильных и железнодорожных границ это не критично, а вот для авиа - да. Если свисс паспорт на отличную фалимилию от той, что в укр. загранпаспорте, тогда определенно въезд-выезд по свисс паспорту, а внутри страны - внутренний украинский, если правда в посольстве в Берне не забрали при постановке на учет.